Папку etc и соответственно конфигурацию старта и работы системы можно изменить изменяя содержание tar архива /etc.img, но при старте системы изменения в файле /etc/init.d/rcS не выполняются.
Я с начало не мог понят почему, но потом сложил 2+2 и понял что это по тому что архив etc.img распакуется уже после старта с помощи скрипта /etc/mountvar.sh.